随着集约化养殖业的发展，动物病原菌疾病的发生频率越来越高。在已知的350多种动物传染病中，至少有200多种为人畜共患病。据WHO统计，美国每年有330~1230万人患食源性疾病，3900人死亡，损失65~349亿美元（WHO，2007）。
无论饲料添加还是混饮，兽用抗菌药都能减少动物性食品污染的风险。例如，维吉尼亚霉素能有效控制鸡产气荚膜梭菌；新霉素可显著减少动物粪便中大肠杆菌O157：H7的数量；庆大霉素可减少细菌对禽蛋和禽肉的污染；替米考星等大大降低了弯曲杆菌等食源性病菌对动物屠体的污染。试验研究结果也表明，不使用抗菌药添加剂的肉鸡携带弯曲杆菌的比例要比饲喂抗菌药的肉鸡高出三倍（Hurd，2011）。
随着欧盟禁令的实施，禽肉中产气荚膜梭菌的分离率大大增加，人群中因产气荚膜梭菌及其毒素引起的食物中毒和坏死性肠炎的发生率也随之增加。此外，鸡群感染产气荚膜梭菌后，体重整齐度差，在加工时肠道更易破裂，鸡胴体更易受细菌污染，从而危害食品卫生。
丹麦禁用抗菌促生长剂后，食源性弯曲杆菌在人群中的发病率显著增加。
美国没有禁止饲用抗菌促生长剂。1996年~2006年期间，美国人群中食源性疾病发生率总体下降23%，弯曲杆菌和沙门氏菌感染率分别下降30%和17%。据推测，禁用维吉尼亚霉素等抗梭菌药，将致美国每年4万人感染弯曲杆菌病而死亡。
美国风险评估专家Hurd教授认为：患病动物对人类公共健康的风险远远大于耐药性风险，因为亚临床患病动物免疫力下降，更易携带或感染沙门氏菌杆菌和弯曲杆菌等食源性致病菌；同时患病动物内脏黏连，可增加食品加工过程中食源性病原菌的污染机会。因此，兽用抗菌药的使用，除防治动物疾病外，还从“源头”上阻止了人畜共患菌传播，降低人畜共患病发生几率，在更深层面上保障食品安全、公共卫生安全和人类生命健康（Hurd，2011）。
禁止使用抗菌促生长剂的初衷是为防止人感染耐药菌，但现实的事实可能与预期完全相反。禁用导致动物发病率升高时，食源性病原菌感染率增加，从而使动物的治疗性抗菌药增加。据统计，丹麦禁用抗菌促生长剂后，食品动物治疗性抗菌药，特别是青霉素类和大环内酯类药物，分别从2001年的16.4吨/年和13.4吨/年增加到2010年27.1吨/年和16.8吨/年（DANMAP，2010）。治疗用抗菌药的增加，同样会诱导细菌的耐药性，甚至选择出高水平的耐药菌株。因此，自欧盟禁用抗菌促生长剂后，某些细菌对促生长用抗菌药的耐药率虽然有所降低，但对治疗用抗菌药的耐药性却增强了。值得注意的是，动物的治疗性抗菌药与人用抗菌药的关系更为密切，因此可能加大对人类耐药菌的潜在风险，这或许也是欧盟人类耐药菌更加普遍的原因。
总之，细菌耐药性问题较为复杂，兽用抗菌药是否具有耐药性风险因药而异、不可统论，禁用兽用抗菌药未必能够较好解决耐药性问题。因此，我们需要理性客观分析兽用抗菌药的使用与细菌耐药性产生传播风险。
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