随着我国近年来养猪业迅速发展，饲养密度越来越大，各种抗菌药的应用已成为保障养猪业健康持续发展的重要部分。然而抗菌药在发挥预防、治疗疾病作用的同时，由于养殖人员的素质高低不一，市场上兽药产品质量差别较大等诸多方面原因，在应用药物防治猪病过程中出现了很多的问题，这不仅导致药物疗效下降，治疗费用增加，甚至造成动物中毒、影响猪的生产性能；同时，长期不规范使用抗生素，一方面病原菌对抗菌药产生耐药性，更重要的是可能导致动物性食品中药物残留超标，对人类健康造成潜在危害。
1、不明病因用药。目前猪病的种类繁多，新病也不断出现，疾病多出现混合感染，如病毒病、寄生虫病和细菌病多重感染，这些猪病的新特点给诊断和治疗带来麻烦。然而，正确诊断是选择药物的前提，有了确切地诊断，方可了解其致病菌，从而选择对病原菌较敏感的药物。因此，猪病防治中应尽量避免无特征或特异性症状不强使用抗菌药，例如各种病毒性感染不宜用抗菌药。
2、不明药物适应症用药。每种抗菌药都有一定的适应症，在使用该种药物前必须先明白该药物的使用范围。一些抗菌药对革兰氏阳性菌有作用，一旦对付革兰氏阴性菌则没有效果，例如青霉素、红霉素。某些猪场技术人员，在使用药物时往往凭自己以往的经验和爱好用药，长期应用某种或某类抗菌药物防治猪病，或者用抗菌药物来治疗猪瘟，用抗病毒药物来治疗细菌感染，用青霉素治疗大肠杆菌病、喘气病等，结果延误病情，使疾病得不到控制。
3、药物使用的剂量不准确。动物使用抗菌药时，药物要用到适当的剂量才能在机体内产生有效的浓度，发挥药物的治疗作用。某些猪场为了节约养殖成本或贪便宜买来的药品有效成分含量不足，使有效药量过小，药物在体内达不到有效浓度，不仅起不到治疗疾病作用，且易产生耐药菌株；或者受到某些传言误导或受假药所害，或治病心切，认为大剂量效果好，导致抗菌药的临床用量越用越大，长期超量使用，不仅不会增加疗效，还可能产生毒副作用。
4、给药途径不当。选择合适的给药途径是药物取得疗效的保证，直接关系到药物能否在动物体内达到并维持足够的有效浓度。大多原料药的适口性、水溶性不好，猪的嗅觉、味觉发达，用原料药混饲时会不吃或吃得少，或用原料药饮水给药，导致药物沉淀在水槽下面，实际上刚开始饮到的水里没有多少药，而沉淀下来的药物颗粒极易引起中毒。如氨基糖甙类、多肽类抗生素内服基本不吸收，以混饲或饮水给药治疗全身感染性疾病基本无效。一般来说，危重病症以肌肉注射或静脉注射给药，消化道感染应以内服为主，严重消化道感染与并发败血症、菌血症应内服，并配合注射给药。
5、药物使用的疗程不恰当。这种用药失误有三种表现，一是病症刚见好转就停药，二是不见药效就立即停药，三是长期应用同一种或同一类抗菌药，这些都是用抗菌药的大忌。病原体在猪体内的生长、繁殖有一定的过程，药物对病原菌的治疗也需要一定的时间，也就是所说的疗程。疗程过短，病原体只能被暂时抑制，一旦停药，受抑制的病原体又会重新生长繁殖，其后果会出现严重的复发症状；不到疗程，不待药物治疗见效就过早换药，也是一种治疗失误的表现，因为不能说明所应用的药物是无效的，其结果可能会贻误治疗最佳时机。所以，临床用药必须有足够的疗程。一般的感染性疾病可连续用药3-5天，症状消失后，巩固治疗1-2天，以彻底治愈，磺胺类药的疗程更要长一些，但也不宜超过7天。切忌停药过早而导致疾病复发，并产生耐药性；呼吸道感染的疾病用药时间延长，一般一个疗程要7-9天。
6、药物配伍不当。合理地联合使用抗菌药物，能充分发挥药物的协同作用，提高药物的抑菌或杀菌效果，例如将青霉素配合链霉素肌注，磺胺药配合抗菌增效剂使用；但将一些有配伍禁忌的药物一起使用时，其结果往往是降低药物的疗效，严重时造成动物中毒。如饲料中添加有盐霉素的情况下，在猪群发生气喘病时，又使用了泰妙菌素，结果导致泰妙菌素的毒性增强，造成大批猪只的死亡。又如盐酸四环素配用碳酸氢钠注射稀释时，会析出四环素沉淀而丧失药效。因此，临床药物配合使用要注意药物的配伍禁忌。
7、抗菌药与疫苗不恰当的混用。有些技术人员在进行预防接种一些病毒性疫苗时，经常在稀释的疫苗内添加抗菌药物，如青霉素、链霉素、庆大霉素、先锋霉素和泰乐菌素，用以预防因接种疫苗引起机体抵抗力降低而继发感染细菌性疾病。其实，在稀释疫苗时加入抗菌药物，尤其是大剂量添加时，这些抗菌药物会使疫苗稀释液的渗透压、酸碱度发生改变而影响疫苗病毒的活性，无法有效地刺激机体产生高水平的抗体，最终影响免疫效果，甚至导致免疫失败。另外，有些药物会影响机体免疫力，如痢特灵、喹乙醇等，也不宜与疫苗混用或在疫苗接种前后应用。
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