但更引起市场兴趣的是该公司与蒙牛集团以及牛根生千丝万缕的关系。有业内人士评价，“现代牧业的细胞中刻着蒙牛的基因。”
三聚氰胺事件后，自建奶源成为中国乳制品企业的普遍做法，而热衷于建万头牧场的不仅仅是现代牧业。蒙牛集团也已参股、合建了14座万头以上超大型现代牧场，计划未来5年投入33亿元用于奶源建设，未来还将再建20-30座大型牧场。
现代牧业原奶九成以上原奶都出售给蒙牛。招股说明书显示，截至2010年6月30日，现代牧业对蒙牛集团的销售分别约占其2008财年、2009财年及2010财年原料奶总销售额的98.9%、99.6%及97.6%，2011财年为97.4%。
作为国内唯一一家奶牛养殖行业上市公司，现代牧业在上市之前就引起了市场的关注。
但更引起市场兴趣的是该公司与蒙牛集团以及牛根生千丝万缕的关系。有业内人士评价，“现代牧业的细胞中刻着蒙牛的基因。”
现代牧业董事长邓九强原是蒙牛集团的副董事长，牛根生的创业伙伴。邓九强于2006年12月加入现代牧业，但他直到2008年5月才离开蒙牛，并在2008年7月成立公司，通过一系列资本运作接管现代牧业。在此期间，邓九强在现代牧业的身份一直处于保密状态。
现代牧业的招股说明书显示，2005年9月在马鞍山注册成立的领先牧业（现代牧业的前身），公司股权结构为：邓源（与邓九强同姓同籍）25%、高丽娜15%、蒙牛（马鞍山）10%，其余50%股权分散在11位个人股东手中，但并未显示这11位个人股东的身份。
在加盟现代牧业之前，现代牧业的总裁高丽娜任山东泰安市外商投资公司总经理、泰安市招商局的董事总经理。她于2005年加入现代牧业，2008年11月担任总裁一职。虽不曾在蒙牛任职，但她和蒙牛也有一段渊源。
据一位知情人士透露，当年在引进蒙牛与泰安市一系列合作落地项目时，泰安方面都是由高丽娜牵头负责。由此，她得以打入蒙牛管理层，并积极筹划与蒙牛相关的一些合作。此外，现代牧业有多名高管也都来自蒙牛。
据悉，从2005年底开始，现代牧业先后进行三次大规模集资。
其中，2005年是以1元/股集资入股。2006年底，以1.5元/股进行集资。2008年6月，以4.5元/股进行集资。在引入股权融资前，现代牧业内部的个人股东人数曾一度暴增至200人。
并且，老牛专项基金于2007年将牛根生所捐献的其中一部分蒙牛股权（占蒙牛香港上市公司4.5%）抵押给摩根士丹利，所融资金也投向了现代牧业。
2008年邓九强正式接手现代牧业后，接连引入KKR、鼎晖投资及Brightmoon的四轮股权融资，至上市前，这3家机构持有上市公司现代牧业的股份分别为34.51%、11.5%及5.23%。其中Brightmoon属于恒鑫信托公司。招股书显示，恒鑫信托成立于2010年7月30日，是一家慈善信托公司，该公司的财产授予人为牛根生。
不过，现代牧业一位高管在接受本刊记者采访时表示，目前公司跟蒙牛集团只是上下游客户关系，公司人员方面并未有交叉。
对蒙牛依赖度过高也成为了投资者对现代牧业的最大疑虑。不过，现代牧业计划未来将30%原奶量制成自家品牌，预计年底至明年初在内地及香港推出，从而减轻依赖单一客户的风险。现代牧业高管告诉记者，自有品牌产品将以液态奶为主，会先在内地推出。
现代牧业的扩张也得到了各地方政府的支持。如马鞍山牧场总投资2.5亿元，其中现代牧场直接投资4000万元，马鞍山市农发行贷款1.5亿元，马鞍山市财政配套补贴和项目资金6000万元。
现代牧业公布的截至2011年6月底的财年业绩也显示，公司在报告期期间获得政府补贴收入达到8870万元，同比增加50%，大部分政府补贴为无条件政府津贴用作购入小母牛，占其全部净利润2.25亿元的比例达39.49%。
上述现代牧业高管还告诉记者，现代牧业建牧场当地政府都会有一些扶持政策，很多地方的政府也希望公司去投资建设牧场。
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